京都大学人文科学研究所では、文部科学大臣の認可を受けて、 平成22年度（2010年度）より共同利用・共同研究拠点として活動を開始しました。 国立大学附置研究所の多くが共同利用・共同研究拠点に認定され、 研究者コミュニティの協力参加を得ながら、関連研究者に開かれた研究体制を築いていくことになったのにともなうものであります。 人文科学研究所も、従来の研究体制を基本的に維持しながら、研究の新たな方向を探るために、平成21年（2009年）に「人文学諸領域の複合的共同研究国際拠点」の申請を行い、 人文学の広い領域を対象とする唯一の拠点として認定を受けました。

研究所の伝統を活かしつつ、人文学および関連分野の研究者による共同研究を進めると同時に、 施設や所蔵資料、データベースを広く内外の研究者の利用に供することにより、新たな研究領域、研究課題に取り組んでいます。 人文学の基礎的研究を踏まえながら、世界的視野から複数文化の生成、変動、相互交渉等を研究し、 地球社会の調和ある共存に資する学術的知見を提供することを大きな目的としています。